建筑防護區主要指動物實驗室所在的實驗室建筑。實驗室建筑內有動物設施和其它設施之分，其它設施可以與動物設施有關，也可以無關；動物設施可以就是實驗室建筑的主體，也可以是其部分。需要考慮的主要問題是動物設施環境與實驗室建筑物內其它區域環境的相互隔離與相互關系，人員、動物、物料和廢物的進出路線。使用時，動物設施及其相關的設施宜集中布置，從事感染動物活動的設施需要單獨布置。實驗室建筑除主入口外，要考慮設置動物、大型設備和廢物的出口和入口。

   出于考慮，必須評估和明確對門窗的性能要求。在合理控制數量的前提下，對門窗的大小、形狀、耐沖擊能力、耐火性、保溫性、光學特性等均要有要求。可能的風險來自于異常的氣候、自然災害、人為破壞、設備異常等，如，通風系統的異常可造成室內壓力急劇變化，造成門窗損壞。

   在豎向布局方面，動物實驗室宜布置在低層，以方便運輸動物和物料。較大型的實驗動物設施通常有相對復雜的通風空調系統和污水處理系統，常采用所謂“三明治”結構。這種結構的特點是設備維護方便，如果設計有備份系統，可以實現真正意義上的連續工作，避免影響實驗活動。國內一些設施，將管道等放入設備夾層(吊頂)，雖可以降低總層高和節省建設費用，但狹小的空間不利于維護設備和進行性能檢測，從來看，增加的維護費用、改造費用可能會遠遠大于當初節省的費用。此外，這類設施的可變性小，一旦相關的要求發生變化，可能面臨難以改造的風險。